本发明公开了一种基于动态补偿的跨层拓扑控制方法及其通信系统，首先，各个节点根据节点间的物理距离，执行最小生成树算法，构造初始的网络拓扑；其次，各个节点的运输层定期计算其运输层的缓存占用率和缓存占用率的变化率，并将这两个信息封装到跨层数据单元中并发送给数据链路层；接下来，各节点的数据链路层根据收到的跨层数据单元中的信息进行拓扑控制，判断是否需要建立或拆除补偿链路；最后，各节点建立或拆除补偿链路，更新网络拓扑；该方法利用跨层的信息交互，通过运输层向数据链路层发出跨层数据单元，触发数据链路层灵活地激活或关闭链路，从而实现基于跨层的动态拓扑调整，改善网络的数据传输性能。