本发明提供了一种考虑容量限制的导航系统星间路由规划方法及装置，获取参与星间链路数据传输的卫星集确定出星间网络，构建出星间路由网络流模型，对所述星间路由网络流模型进行求解；得到星间路由规划方案并输出。本发明利用导航卫星星间网络周期性和动态性的特点设计了星间路由网络流规划模型，该规划模型的节点及路径都具有容量，并使用基于知识的遗传算法对星间路由网络流规划模型进行求解，通过使用序列编码降低了编码复杂性，并设计容量冲突消解策略处理容量约束，基于不同的启发式知识设计了自适应变异算子，提升了遗传算法的搜索性能，从而实现了在考虑了链路带宽及卫星缓存容量限制的情况下，怎样对星间路由进行快速规划的问题。