本发明涉及一种基于顺序存储二叉树的航线自动生成方法，包括以下步骤：步骤1、初始化二叉树结点数组、航线索引数组；步骤2、二叉树的根结点初始化为起始点；步骤3、判断当前测试线上是否存在碍航区，如果不存在，连接起始点和终点作为自动生成的航线；如果存在，完成当前测试线的子二叉树构建；步骤4、将子二叉树的左、右结点先后添加到结点数组；步骤5、构建左子树和右子树；步骤6、在二叉树构建过程中，每完成一条可行性航线的搜索，将终点结构体添加到结点数组；步骤7、根据存储的航线索引数组和结点数组，比较选出最短可行性航线。本发明避免了航路二叉树的遍历搜索和航路点的判别比较，大大降低了时间复杂度和空间复杂度。