本公开提供了一种肺部4D‑CT医学图像配准方法及系统，获取一个呼吸周期内的CT影像数据；对获取的一个呼吸周期内的CT影像数据做至少两次下采样，得到的结果作为第一全连接网络的输入，得到第一形变场；将第一形变场进行一次上采样操作，对获取的一个周期的3D肺部CT图像做一次下采样操作，两者共同作为第二全连接网络的输入，得到第二形变场；将第二形变场进行一次上采样操作，并与获得的一个呼吸周期内的CT影像数据共同作为第三全连接网络的输入，得到第三形变场；本公开将不同分辨率图像输入到网络中学习不同尺度特征，将所得到的低分辨率的形变场作为相对高分辨率网络的输入，最后得到总的配准形变场，极大的提高了配准精度。