本发明公开了基于图卷积Transformer的医学图像配准方法，应用于医学图像处理技术领域。包括：对3D脑部磁共振数据集进行数据预处理，从中随机选取一对图像作为浮动图像和固定图像进行拼接与处理；利用邻接矩阵屏蔽特征图中的假连接，使用切比雪夫卷积处理，解码得到配准变形场；将浮动图像与配准变形场输入空间变换网络,得到配准图像；对固定图像和配准图像进行相似性测度，并对配准变形场中的折叠点优化；使用配准网络进行迭代训练，得到最优权重参数网络模型；输入待配准图像至最优权重参数网络模型，得到配准结果。通过邻接矩阵屏蔽假连接、切尔雪夫卷积处理扩大感受野、折叠点优化促进配准变形场的可逆一致性，有效提高了配准的精准性和真实性。