本发明公开了一种病变定位导航的方法和装置，导航方法包括将虚拟磁定位电极固定于患者体表或患者周围；将病变外周区域、病变部位和虚拟磁定位电极作为一个整体进行CT/MRI扫描；通过三维处理模块对CT/MRI图像进行图像处理，生成三维虚拟模型；通过三维处理模块对病变部位进行标注，并规划从路径入口到病变模型的导航路径；将实时磁定位电极固定于患者体表或患者周围，在三维导航场景内形成实时磁定位电极的三维模型；将虚拟磁定位电极与实时磁定位电极融合配准在一个坐标系内；将安装有磁定位电极的介入器械与三维定位模块连接，通过三维定位模块获取介入器械的三维坐标，在三维导航场景内显示介入器械的三维模型，实现实时导航。