本发明提供一种水下自主式潜航器全自由度姿态控制方法和系统，潜航器包括8个喷嘴，8个喷嘴为分别位于入水口的左右两侧的两对喷嘴对以及位于系统后部的两对喷嘴对；AUV中央处理器通过转换矩阵将地球固定坐标系下的坐标转换为机身固定框架坐标系下的坐标，并进一步地构建四个喷嘴对的动力学模型，然后通过构建转换矩阵的直接余弦矩阵，进而实时更新姿态传感器所采集到的潜航器的坐标信息，进而实现各种姿态动作的组合方式运动，具有真正意义上的全自由度运动能力，可很好的解决由于空间局限不能自由改变航线的情况，在浅水区域，具有更小的回转半径，极大的提高了设备的灵活性，可有效提高设备对各种区域的可达性，提高工作效率。