本发明公开了一种海洋生态环境巡检航行器，包括：航行器船体，所述航行器船体的上方左右两侧对称设置有太阳能电池板，且航行器船体的上方中部安装有信号灯；支撑架，所述支撑架左右对称固定在航行器船体的前后两侧，且支撑架的内部卡槽连接连接有连接块，且连接块的内部设置有调节机构。该海洋生态环境巡检航行器，通过气囊一字排开，能够保证航行器运行时的稳定性，海洋大风大浪天气航行器被海浪掀翻后，可以通过气囊的组合排列借助海浪复位，保证航行器的使用，且能够有效避免采样时水草等杂物堵塞采样口，方便对水草等杂物进行清理，并且能够在一次航行时采集不同位置的海水样品，能够对海水进行分别收集。