基于XGboost算法的DNA结合蛋白识别方法、系统、存储介质及设备，属于计算机与蛋白质识别结合技术领域。本发明为了解决现有的DNA结合蛋白识别方法存在不能兼顾通用性和识别准确率的问题。本发明利用DNA结合蛋白识别分类器对待识别的DNA结合蛋白进行识别；DNA结合蛋白识别分类器的确定过程中，首先获取处理的DNA结合蛋白特征数据集；采用不同的提取算法提取DNA结合蛋白数据集的数据特征，得到多个特征文件；并将不同特征提取算法提取的序列特征矩阵拼接起来，得到拼接后的特征矩阵；然后对生成的特征矩阵进行规范化处理，使用MRMD算法矩阵进行降维处理；最后使用XGboost算法构建并训练DNA结合蛋白识别分类器模型。主要用于DNA结合蛋白的识别。