本发明公开了一种磁悬浮轴承的轴向位置检测方法、装置、制冷机组及存储介质，该方法包括：在接收到轴向轴承的轴向参考位置的检测指令的情况下，获取转轴的径向位置；根据转轴的径向位置，向径向轴承线圈通入电流控制转轴在径向上的位移为0；向轴向轴承线圈通入电流，控制转轴在轴向上前后移动到最大移动范围，得到转轴在轴向上的轴向变化范围；确定轴向变化范围的中心点，将轴向变化范围的中心点确定为轴向轴承的轴向参考位置，以实现对磁悬浮轴承的轴向位置的检测。该方案，通过在检测制冷机组中磁悬浮轴承的轴向参考位置时，减小转轴轴向移动的摩擦力，以使转轴移动方便。