一种无人机集群控制方法及系统，涉及无人机控制技术领域，用以解决现有技术对于无人机集群控制效果差且避障能力弱的问题。本发明的技术要点包括：实时获取无人机集群中每个无人机采集的环境信息和其他无人机信息；将经过预处理后的环境信息和其他无人机信息输入预训练的深度神经网络，获得无人机集群控制指令；判断无人机当前飞行状态，若判断结果为没有碰撞风险，则根据无人机集群控制指令对无人机进行控制；若判断结果为有碰撞风险，则根据避碰指令进行避障。本发明可以在复杂多变的环境中实现无人机的集群控制且具有很强的泛化能力，提升了无人机集群在复杂环境中执行任务的能力。本发明可扩展到大规模的无人机集群应用场景中。