本发明涉及一种冗余旋转惯导系统双轴转位机构自标定方法。控制冗余旋转惯导系统使其双轴转位机构分别先后绕内框轴顺时针、内框轴逆时针、外框轴顺时针和外框轴逆时针匀速旋转360度的整数倍，采集4个运动时段的各个陀螺敏感数据。利用各个陀螺敏感数据、冗余惯性测量单元配置矩阵、内外框轴旋转角速率以及地球角速率的关系，构建关于内框轴误差和外框轴误差的超定方程组。将薄壳算法和果蝇优化算法进行组合，设计针对该超定方程组的寻优算法，先估计出最优的内框轴误差，在此基础上，再估计出最优外框轴误差，在无外部辅助装置的情况下实现双轴转位机构的自标定。本发明属于惯性导航技术领域，可应用于冗余旋转惯导系统自标定。