本发明公开了一种基于最大稳定区域的非刚性不完整形状对应方法及应用，涉及三维形状分析领域，该方法包括：S1：从非刚性三维模型库中提取两个非刚性形状模型；S2：基于扩散几何，对S1中的两个非刚性形状模型分别进行特征检测并发现形状上的特征点或者特征区域，然后对每个特征进行特征描述，赋予其一个描述局部信息的向量；S3：预先定义分量树，并设置边描述符，之后基于边描述符进行最大稳定区域计算，并将计算结果定义为两个集合X和Y；S4：利用预测函数对每个区域依次进行区域对应、地标点对应和稠密对应。采用本发明的技术方案能够解决具有非刚性变化的整体形状与不完整形状之间的对应不准确的问题。