本申请提供一种单菌DNA文库测序数据的注释方法、装置、电子设备及存储介质。注释方法包括：对原始测序数据进行碱基质量评估、接头序列过滤、低质量序列过滤和低质量碱基过滤，得到高质量的序列数据；同时基于多种组装方法分别拼接高质量的序列数据，评估得到最优拼接序列数据；进行基因组结构预测、重复序列分析和CRISPR结构分析，得到最优拼接序列的预测结果信息；分别将最优拼接序列与多种功能数据库进行比对，得到最优拼接序列的功能注释信息。能够充分考虑各个分析环节的资源需求和分析时间等因素，具有良好的分析效率、任务调度、内存和线程分配等性能，能够高效的得到全面且可靠的单菌DNA文库测序数据的注释信息。