本发明涉及一种可双向海水过滤的船用换热系统，包括控制阀组、海水滤器、换热器、海水管道、压力表，所述控制阀组安装于换热器进出口上，其中，两个控制阀串接为一组，两个控制阀组分别与换热器海水进出口相连接，并由海水管道互相连接，同时设置压力表；两个海水滤器分别设置在换热器进出水口上。采用可双向海水过滤的船用换热系统可让船用换热器海水侧滤器在切换一次阀组后即可完成不停机的情况下滤器清洗的工作。采用可双向海水过滤的船用换热系统可将清洗海水滤器工作简化为阀门切换动作，提高了操作效率，将繁琐的滤器清洗工作优化。