本申请是关于一种多轴机械手控制系统及机械手主副臂防碰撞的控制方法。该多轴机械手控制系统包括主臂，副臂，光电对射传感器，引拔横梁，伺服电机和控制器；主臂和副臂设置于引拔横梁上，伺服电机上设置有绝对值编码器，光电对射传感器的光发射端和光接收端分别设置于主臂和副臂上，且光发射端和光接收端的连线平行于引拔横梁，控制器分别与伺服电机和光电对射传感器通讯连接。本申请提供的方案，当电机轴与减速机间的机械结构出现松动时，通过不受影响的光电对射传感器获取主臂与副臂间的距离，当该距离满足碰撞预警条件时，光电对射传感器立即向控制器输出警示，控制器指示伺服电机停止对主臂和副臂的驱动，能够有效避免主臂与副臂发生碰撞。