本发明提出一种无监督网络对齐方法和系统，其方法技术方案包括嵌入结构计算步骤，获取源网络与目标网络的邻接矩阵，并通过两个图神经网络分别学习源网络与目标网络的嵌入结构；投影矩阵计算步骤，根据源网络与目标网络的邻接矩阵、嵌入结构和超参数计算得到源网络与目标网络的投影矩阵；节点对齐计算步骤，对投影矩阵计算相似性，得到相似性矩阵，并根据相似性矩阵进行源网络与目标网络的节点匹配。本发明解决了现有网络对齐方法成本高、耗时长且效果不佳的问题。