本发明属于康复治疗技术领域，公开了一种轻度脑损伤磁共振影像数据的纵向分析方法及系统，从受试者磁共振影像数据提取BOLD信号；根据稀疏逆协方差矩阵估计，构建受试者对称正定稀疏脑功能连接网络集合；根据黎曼流形稀疏编码，确定核空间上脑功能连接网络字典以及稀疏系数矩阵；进行脑功能连接原子网络空间分布分析；进行轻度脑损伤磁共振影像数据的纵向分析。本发明通过分析这些高呈现率的脑功能连接原子网络在脑空间分布的差异情况，挖掘出用于区别急性期、亚急性期、完全康复三个轻度脑损伤康复治疗阶段的脑功能连接影像学标记，实现对轻度脑损伤康复过程的纵向分析。