本发明公开了一种三维MRI病灶图像分割方法及系统，步骤S1、在多种加权成像模态下将多模态MRI图像中得到病灶重要特征影像序列；步骤S2、依次将每组病灶重要特征图像序列进行病灶特征重构得到在对应加权成像模态下的MRI病灶图像，并依次计算每张MRI病灶图像的病灶信息度；步骤S3、基于所述病灶信息度构建对应加权成像模态的模态权重，并依据模态权重对所有MRI病灶图像进行模态特征重构得到三维MRI病灶图像。本发明实现了将多种加权成像模态下的所有病灶特征在三维MRI病灶图像中进行共性化和个性化的统筹表征来提高对目标对象病灶特征的表达准确度，提高医生对病症诊断的辅助精度。