本发明公开了一种克菌丹或灭菌丹的合成方法，将1，2，3，6‑四氢邻苯二甲酰亚胺或邻苯二甲酰亚胺、全氯甲硫醇、有机溶剂和催化剂混合均匀，得混合物a；或者，将1，2，3，6‑四氢邻苯二甲酰亚胺或邻苯二甲酰亚胺、有机溶剂和催化剂混合均匀，得混合物b；向所得混合物a中滴加无机碱水溶液，滴完后保温进行反应，合成克菌丹或灭菌丹；或者，向所得混合物b中分别滴加全氯甲硫醇、无机碱的水溶液，滴完后保温进行反应，合成克菌丹或灭菌丹。本发明同时引入有机溶剂、催化剂和水，优化了操作方式，减少了原料、产品与碱的过度接触，降低了原料、产品分解，提高了产品收率，废水量大大减少，大大的降低了环保需求，对环境友好度大幅度上升。