本发明提供一种防蓝光光子晶体薄膜及其制备方法、应用，防蓝光光子晶体薄膜包括纳米微球周期性阵列，纳米微球周期性阵列中的纳米微球呈三维有序排列，纳米微球的粒径为100nm～400nm，光子晶体薄膜的阻隔波长范围为400nm～500nm，该薄膜的制备方法包括以下步骤：S1、制备聚合物纳米微球乳液，纳米微球乳液中的纳米微球的粒径为100nm～400nm；S2、纳米微球乳液涂布在基材上，得到复合膜材；S3、将复合膜材经过震荡剪切规整设备，其中震荡剪切规整设备的规整速度为1m/min～50m/min；S4、将经过步骤S3的复合膜材进行光固化，得到该薄膜，采用以上方法，实现高度精准阻隔特定波长光波，其他光谱无损失的同时，色彩平衡，最终成像度更好。