本发明公开了一种TMS线圈放置参数空间构建方法及其系统。该方法包括如下步骤：获取用户头部的待标识点在第一设定方向的长度比值，作为待标识点的第一位置坐标；获取待标识点在第二设定方向的长度比值，作为待标识点的第二位置坐标；获取待标识点在设定平面内的方向矢量，设定平面为用户头部上经过待标识点的切平面；基于第一位置坐标、第二位置坐标和方向矢量，对待标识点进行位置标识。本发明能够对用户头部上的任意待标识点进行统一规范化的位置标识，不会出现标识混乱的情况。同时，针对不同用户，可通过本发明对同一位置进行位置标识，从而有利于后续对TMS的治疗效果进行对比分析。