本发明提供一种区域设计结构树生成方法及系统，属于船舶管系区域设计结构树搭建技术领域。本发明包括：详设设计员提交转阶段申请，系统自动检查模型；审核人查看模型进行确认，并审批申请流程；系统根据详设模型的类型、安装阶段属性及所属空间，在区域结构树中自动生成相应节点，并将模型挂在节点下；在区域设计结构树中，自动创建三维标注节点，生成三维标注信息；若区设模型发生更改，详设模型直接自动同步更新；若详设模型要发生更改，需提交更改申请，申请通过后，模型权限转移给详设设计员；根据详设模型的更改，同步更新区域结构树对应的模型及三维标注信息，本发明有效提高了模型的转化效率，实现了设计分工明确、快速出图的目的。