本公开提供了一种基于脑功能连接网络的多模态情绪识别方法及系统，包括获取待分类的脑电信号和眼动凝视，对眼动凝视和情绪脑电信号均进行预处理，预处理后的情绪脑电信号均进行小波变换得到若干个频段；其次，采用锁相值和相位滞后指数对情绪脑电信号的若干个频段，建立脑功能连接网络；随后，采用张量化的阈值设置方法，构建二值化脑网络；同时，计算二值化脑网络的若干个特征和提取眼动凝视特征；并通过特征级随机化核典型相关分析算法将二值化脑网络的所有特征和眼动凝视特征进行特征级融合；最后，将脑网络的所有特征、眼动凝视特征以及特征级融合后的多模态特征均输入到训练后的支持向量机中，精确识别出积极情绪或消极情绪。