本申请提供了一种脱细胞基质生物材料的制备方法，采用特定的前处理、脱脂、消毒、脱细胞、去α‑Gal抗原以及灭菌的方法相结合，在有效去除动物组织抗原性物质的同时，还能最大限度的保留材料中生物活性成分和结构的完整性，从而获得一种具有低免疫原性、高生物活性的脱细胞基质生物材料。此外，采用本申请的方法制备的脱细胞基质生物材料有效降低了免疫原成分，具有良好的生物相容性和生物安全性，表面有利于细胞粘附、聚集、增殖，其可以作为一种高活性的生物基质材料应用于皮肤软组织缺损、牙龈退缩及牙周软组织的修复。