本发明提供了机房制冷控制方法、系统、设备及存储介质，其中，方法包括：采集机房内多个制冷设备的输出冷量，得到输出冷量矩阵，获取多个制冷设备之间的制冷协同关系矩阵，利用输出冷量矩阵和制冷协同关系矩阵构建基于一致性控制算法的冷量预测模型，制冷协同关系矩阵是在通过调整每个制冷设备的制冷参数得到的其他各制冷设备所对应机柜的冷量变化值之间差值构建得到的，采用EM算法，以制冷协同关系矩阵作为隐向量并根据输出冷量矩阵计算机房的冷量期望值，并在获得机房的冷量真实值的情况下，根据冷量期望值与冷量真实值之间的误差更新制冷协同关系矩阵，直到冷量预测模型收敛。方案在实现机房制冷的高效节能方面具有较强可行性和精确度。