本申请提供一种分子晶体能量计算方法、装置及存储介质。其中，该方法包括：获取目标晶体结构，并从目标晶体结构中确定中心分子、M个团簇和M个壳结构；采用量子化学方法分别计算中心分子的分子能量、每一团簇的团簇能量和每一壳结构的壳能量；根据分子能量、团簇能量和壳能量，计算得到目标晶体结构的晶格能量；根据分子能量和晶格能量，计算得到目标晶体结构的晶体总能量。本申请的技术方案，通过建立“核‑壳”计算方案，能够提高晶体能量的计算效率和计算精度。