本发明公开了一种基于决策树的结直肠癌风险筛查方法及系统，其中，所述方法包括：获得第一科室的历史病历数据集；将预设筛查年龄作为第一筛查特征，息肉确诊病历作为第二筛查特征，家族病史患病作为第三筛查特征；通过进行信息论编码运算，依次获得第一、第二以及第三特征信息熵；将其输入数值比对模型，获得第一根节点特征；构建结直肠癌筛查决策树；获得第一用户的初次就诊病历；将其输入结直肠癌筛查决策树，获得第一筛查结果；提醒第一用户进行结直肠癌的病情筛查。解决了现有技术中的无法基于结直肠癌的患病特征，对海量的用户病历进行高效快速的筛查，使得无法尽早发觉结直肠癌的潜在隐患，耽误用户治疗的技术问题。