本发明公开了一种多图层空间大数据叠加合并方法、装置、设备及存储介质。包括：基于四叉树对空间数据集进行划分，四叉树各叶子节点分别存储有划分后的各子空间数据集；根据各叶子节点的最小外包围盒创建基底空间数据；将子空间数据集中的各空间要素依次与基底空间数据进行叠加交叉分析，合并各空间要素的叠加交叉结果，得到叶子节点的叠加交叉分析结果；合并各叶子节点的叠加交叉分析结果，得到叠加合并分析结果。本发明引入了基底空间数据，在子空间中将叠加合并分析转化为叠加交叉分析，简化了合并逻辑的判定流程，各划分范围内的数据与其对应的基底空间数据进行迭代裁切，避免了数据重复计算，节约了计算资源，提升了叠加合并分析的效率。