本发明涉及一种解离蛋白质‑小分子复合物的方法，包括：将吸附材料填充在两端开放的管体中，得到填充柱；以及将待解离的蛋白质‑小分子复合物样品溶液通过所述填充柱进行解离，使得所述小分子被吸附至所述填充柱，而所述蛋白质留在流出液中且蛋白质仍然具有活性；其中，所述吸附材料为：未经处理的碳纤维、经表面修饰的碳纤维、高分子膜、金属‑有机骨架材料或共价‑有机骨架材料。本发明方法可实现蛋白质‑小分子复合物的一步解离，步骤简单，快速高效，克服了传统方法多次、长时间离心以及大量使用有机溶剂的缺陷。