本发明提供了一种基于eTPU的转速同步补偿控制方法，包括以下步骤：S1、eTPU通道1捕捉曲轴传感器信号；S2、eTPU通道2捕捉凸轮传感器信号；S3、检测到曲轴信号和凸轮信号的状态为错误时锁存信息；S4、根据当前转速N1，下次触发eTPU通道5的时刻为C1，曲轴角度为A1，曲轴齿编号为B1；计算后续相连两次eTPU通道5触发的时间间隔，在eTPU通道5中，曲轴角度间隔递增；S5、计算下一个缸左排缸喷射时刻；S6检测到eTPU通道1捕捉到的曲轴信号状态为正常锁存信息；检测到eTPU通道2捕捉到的凸轮信号状态为正常，计算时间间隔；S7、在eTPU通道1中计算下一个缸喷射时刻S1并触发eTPU4输出喷射信号。本发明解决曲轴传感器信号和凸轮传感器信号同时出现干扰时，保证柴油机各缸喷射正常，使柴油机正常运行。