本发明提供了一种水中油分析仪标定系统及标定方法，标定系统包括水中油分析仪、三通阀、循环泵、控制器、零点水箱、第一标样水箱、第二标样水箱以及排水阀，三通阀的第一端与过热器出口相连，三通阀的第二端与水中油分析仪的第一端相连，水中油分析仪的第二端与排水阀相连；三通阀的第三端与循环泵相连，控制器与循环泵相连；零点水箱的入口阀与水中油分析仪的第二端相连，零点水箱的出口阀与循环泵相连；第一标样水箱的入口阀与水中油分析仪的第二端相连，第一标样水箱的出口阀与循环泵相连；第二标样水箱的入口阀与水中油分析仪的第二端相连，第二标样水箱的出口阀与循环泵相连。本发明的技术方案，能够方便地对水中油分析仪进行自动标定。