本发明公开了一种燃料电池存储装置及燃料电池停机存储方法。通过使用第一气体对第一腔体进行吹扫降温，同时使用第二气体对第二腔体进行吹扫降温，并当所述燃料电池的电压低于预设电压，且所述燃料电池的温度低于预设温度，调节所述第一气体和所述第二气体的流量至0；然后关闭第一阀门、第二阀门、第三阀门和第四阀门；再断开所述第一连接管、所述第二连接管、所述第三连接管和所述第四连接管与台架的连接；最后将带有所述第一阀门、所述第二阀门、所述第三阀门和所述第四阀门的燃料电池存储，能够有效避免空气进入第一腔体与氢气混合后发生氢空界面，进而避免催化层活性面积减少，杜绝对膜电极造成不可逆损伤，有效避免电池性能下降。