本发明属于燃料电池技术领域，具体涉及一种燃料电池系统停机吹扫方法。其技术方案为：一种燃料电池系统停机吹扫方法，包括以下步骤：第一阶段吹扫：设定第一阶段预设温度，使燃料电池入口或出口冷却介质温度维持在大于等于第一阶段预设温度；加载电流，对燃料电池进行吹扫，直至监测到电压小于预设电压值；第二阶段吹扫：对电堆进行强制降温，向电堆通入气体进行吹扫；设定第二阶段预设温度，当燃料电池入口或出口流体介质温度低于第二阶段设定温度时，或达到设定的吹扫时间，或达到设定的电压均值或最小值，则停止降温和吹扫。本发明提供了一种吹扫效率高且避免冷凝水残留在电堆内的燃料电池系统停机吹扫方法。