本发明涉及燃料电池领域，具体涉及一种燃料电池系统的停机吹扫方法及燃料电池系统、车辆；所述方法包括获取燃料电池系统进入带载吹扫的第一交流阻抗值，根据第一交流阻抗值确定带载吹扫过程中测量交流阻抗值的次数、计算测量交流阻抗值的间隔时间及带载吹扫时间；当带载吹扫非正常执行时，确定第一故障时间，并根据相邻的测量交流阻抗的测量时间及所述测量时间对应的测量阻抗值计算故障交流阻抗值，根据故障交流阻抗值计算空载吹扫时间，判定停机吹扫时机。所述方法保证了停机吹扫的充分性及适宜性，既能够实现燃料电池系统低温情况下再次使用时的安全性；又增加了燃料电池系统的耐久性，并节约氢气能源及系统应用额外电能。