本发明公开了一种医药包装自净袋的加工工艺，包括加工生产系统，加工生产系统包括第一放卷辊、第二放卷辊和加工装置，加工装置包括工作台和顶板，工作台顶部的四个边角处均垂直固定有支杆，支杆的顶端固定连接于顶板的底部，工作台和顶板之间沿薄膜移动方向依次设置有热封机构、冷却定型机构和切割机构，第一放卷辊和第二放卷辊均设置于加工装置的后端。本发明将贴合、热封和切割结合为一体，占地面积小，设备投资少，且可以一次热封和切割出多个自净袋，提高了生产效率。