本发明公开了一种快速路车辆OD位置提取方法及系统，包括以下步骤：获取同一区域内的手机信令数据与车牌识别数据；分别对手机信令数据和车牌识别数据进行预处理；对手机信令数据轨迹进行切分，得到具有出行次序的手机信令数据；通过三维轨迹数据对手机信令数据轨迹与车牌识别数据轨迹进行匹配，得到车辆与其对应的手机信令用户；提取车辆在车牌识别数据中途径某路段的经过时间，计算该经过时间与车辆对应的手机信令用户出行轨迹点的时间差，取时间差最小值所在的手机信令数据的出行次序首末位置为该车辆此次出行的OD。本发明弥补自动车牌识别数据中的行程信息缺失问题，结合终端信令数据，对快速路车辆进行行程信息的修补。