本发明涉及生物技术技术领域，具体涉及一种用于空间转录组分析棉花幼茎冷冻切片方法。所述的方法包括样品处理和包埋、冰冻切片机预冷、冷冻切片、制片。本发明提供的一种用于空间转录组分析棉花幼茎冷冻切片方法，取新鲜材料直接包埋后切片，得到细胞结构清晰完整的组织切片，避免了细胞结构的损害和成分的流失，是一种最为简便且效果良好的切片方式，适合作为用于空间转录组学分析中的棉花幼茎冰冻切片方法。