本发明涉及生物传感器技术领域，尤其涉及一种碳纳米管场效应晶体管生物传感器及其制备方法。本发明提供的制备方法，包括以下步骤：提供传感器；在所述传感器的传感器沟道进行十一烷基三甲氧基硅烷修饰后，沉积聚咔唑包裹的碳纳米管，得到聚咔唑包裹的碳纳米管层；对所述聚咔唑包裹的碳纳米管层进行聚赖氨酸修饰后，在得到的聚赖氨酸层表面沉积金纳米颗粒，对得到的所述金纳米颗粒进行生物探针修饰，得到所述碳纳米管场效应晶体管生物传感器。所述制备方法能够很好的实现功能化制备生物传感器。