本发明提供了一种快速单细胞建库方法，该方法包括：1)裂解单细胞，释放所述单细胞中的全基因组DNA；2)向第1)步所得全基因组DNA加入Tn5转座酶，将DNA切割为DNA片段；3)对所得DNA片段进行PCR扩增，在扩增过程中引入索引条形码，为每个单细胞添加细胞索引条形码，PCR扩增试剂中还包含片段化终止液，以终止片段化；4)纯化扩增后的DNA片段，得到单细胞基因组文库。本发明还提供了集成于数字微流控芯片的快速单细胞全基因组建库方法，在前述方法基础上，将该方法集成于数字微流控芯片，实现自动化的文库构建。本发明方法免去预扩增步骤，但仍能降低扩增偏倚，并获得更好的测序覆盖率，为CNV和SNV分析提供有利信息，并大大缩短测序时间、试剂和人力成本。