本公开提供一种自动抽屉线柔性生产调度方法及系统。该方法包括：在MES系统模块中预存或即时写入产品生产数据；在需要添加目标产品的生产时，对目标产品进行扫码识别，PLC模块根据扫码识别的信息向MES系统模块发出相应触发指令，请求执行目标产品的生产加工数据；所述MES系统模块收到触发指令后将生产加工数据发送给PLC模块，PLC模块接收来自所述MES系统模块的生产加工数据，并将所述生产加工数据转换为所述PLC模块可识别与执行的指令，然后向执行机构发出信号；执行机构接受来自所述PLC模块的信号，进行生产活动直至完成。本公开的自动抽屉线柔性生产调度方法及系统，能够在产线上随时调整生产参数、即时加入小批量/单件的混流生产，而不需要停机。