本实用新型公开了一种应用于内窥镜的成像系统，第一子光学系统和第二子光学系统分别用于采集物方光线的不同波段光线并基于采集到的光线进行成像，其中第一子光学系统的前透镜组和第二子光学系统的前透镜组为同一透镜组，第一子光学系统所成像的像高与焦距的比值，和第二子光学系统所成像的像高与焦距的比值呈线性关系。本实用新型中两个子光学系统共用前透镜组，两者所成图像的视场轴相同；两个子光学系统焦距已知时根据两者像高与焦距比值满足的线性关系，可得到两者所成图像的像高关系，根据两者所成图像的像高关系能够较准确地将两图像配准。从而使用本成像系统能够提高对获得的各图像进行配准的准确性。本实用新型还公开一种内窥镜设备。