本实用新型涉及制冷设备制造及应用技术领域，公开了一种低能耗低温泵系统，包括压缩机、冷水机以及至少两台并联的低温泵，压缩机的下端设有低温进水口和高温出水口，冷水机上设有进水口和出水口，低温进水口与出水口连接，高温出水口与进水口连接；还包括制冷机和控制器，控制器与制冷机连接并控制制冷机的运作，制冷机固定地设置于低温泵的下端；压缩机的上端设有低压回气口和高压出气口，制冷机上设有进气口和出气口，低压回气口与出气口通过氦气软管一连接，高压出气口与进气口通过氦气软管二连接。本实用新型通过控制器控制制冷机的转速，从而控制制冷机单位时间的进气量，避免压缩气量的浪费，以达到降低能耗的目的。