本实用新型涉及一种全光谱高分辨率显微光谱分析集成系统，所述全光谱高分辨率显微光谱分析集成系统包括显微镜平台、载物台、光源系统、成像系统和电脑控制系统；所述显微镜平台具备透、反射双重照明光路和200‑2500nm宽光谱工作性能；所述载物台设置在所述显微镜平台上，所述载物台包括机械载物台、比色载物台和三维电泳载物台；所述光源系统为所述显微镜平台提供光源，所述光源系统包括发光装置和单色器；所述成像系统包括无色差物镜成像装置、数字显微相机成像装置和光谱成像装置。本实用新型可以实现对混合物的分离，利用200nm‑2500nm的全光谱照射，不仅可以分析透射特征，而且可以分析反射与荧光特征；不仅可以采集图像，而且可以分析目标点的光谱特征。