本发明公开了一种基于光谱粗糙度信息判断高分辨率多光谱水深反演数据有效性的方法，涉及海洋测绘领域。本发明通过在多光谱影像中选取多个波段设置局域滑动子窗，基于M稳健估计算法拟合光谱趋势面，分别计算各局域子窗中残差向量的标准差得到光谱粗糙度指数，绘制光谱粗糙度特征图，通过分析光谱粗糙度指数的分布特征，提取光学深水区域中波峰的分布范围，在多光谱影像中确定光学深水区域的空间分布，合并多光谱影像各波段中的光学深水区域，确定多光谱遥感反演水深的有效区域。本发明从光谱数据本身出发，无需借助实测水深数据即可直接判断高分辨率多光谱水深反演数据的有效性，在海洋测绘、海洋遥感和海洋信息领域具有重要的应用价值。