本发明提供一种船舶柴油机废气清洗系统，包括清洗单元、中和单元、水油分离单元和污渣单元，清洗单元能够去除柴油机废气中的颗粒物，中和单元能够去除柴油机废气中的硫氧化物。本发明提供的船舶柴油机废气清洗系统将废气转化为清洁气体、清洁水及污渣，避免了废气对环境的污染；另外，本发明提供的清洗系统能够在柴油机工作的同时对废气进行清洗，产生的清洁气体和清洁水可以在船舶行进的过程中随时排放，污渣定点排放，清洗及时，清洗效率较高。