本发明公开了一种白藜芦醇‑胡椒碱复方微胶囊及其制备方法和应用，所述制备方法为将白藜芦醇、胡椒碱溶解于乙醇中，获得混合液，将混合液滴加入含壁材的乙醇溶液中，搅拌均匀，获得前驱液，将前驱液进行喷雾干燥获得白藜芦醇‑胡椒碱复方微胶囊颗粒。本发明以β‑环糊精或其衍生物作为壁材，白藜芦醇和胡椒碱作为芯材，经溶解包合、喷雾干燥、样品收集等单元操作，制备出大小均一可控的白藜芦醇‑胡椒碱微胶囊颗粒；所得产品为无刺激性气味的白色粉末，含水量较低，包封率较高。相比较单一的白藜芦醇，产品具有更好的溶解性和抗氧化性。并且本发明实现了单一壁材对两种活性物质的包覆，制备过程简单。