本发明属于C08F299/04有机高分子化合物技术领域，更具体的涉及一种3D打印生物基共聚酯及其制备方法。一种3D打印生物基共聚酯，制备原料括脂肪族聚酯、不饱和聚酯、助剂；所述的不饱和聚酯为聚富马酸丙二醇酯。本发明提供的一种3D打印生物基共聚酯，提高了打印耗材的韧性和拉伸强度；通过申请人大量研究性实验探究，得到制备3D打印生物基共聚酯的制备方法，并且得到的3D打印生物基共聚酯具有良好的流畅性，提高了打印性能，避免了打印过程中喷头堵塞的问题。经本发明提供的3D打印生物基共聚酯具有较好的生物降解性能，使用后可以快速的分解降解，避免了对环境的破坏，复合环保要求，具有极大的推广价值和使用意义。