本发明涉及一种基于航空遥感系统的飞行航线设计方法，包括以下步骤：步骤1）计算不同航空遥感设备的相对航高；步骤2）确认最终实际飞行时的相对航高；步骤3）计算焦距与CCD像元大小的比值；步骤4）计算等效的旁向CCD个数；步骤5）计算影像在地面的旁向覆盖宽度；步骤6）设计飞行航线，确定最终实际飞行时的航线。本发明根据航空遥感系统中不同遥感设备的已知参数进行计算，得出各种等效的新参数，然后生成统一的飞行航线计划，在同时满足不同遥感设备指标要求的情况下，实现对测区的一次性航空遥感作业，因此，能够提高作业效率，减少重复作业。