本发明涉及卫星控制技术领域，公开了一种卫星集群拓扑结构连通性保持控制方法及系统，该方法在第一卫星和第二卫星之间的距离超过预设最大距离阈值时，若第一卫星和第二卫星之间的目标边属于第一类边，则删除目标边；若目标边属于第二类边，则基于预设的最大距离控制策略对第一卫星和第二卫星进行控制；在第一卫星和第二卫星之间的距离低于预设最小距离阈值时，基于预设的最小距离控制策略对第一卫星和第二卫星进行控制。这样，以通信拓扑结构连通性为控制目标，能将维持卫星集群长期相伴飞行的控制燃料消耗减小到较低水平，保证卫星集群具有通信或其它协作关系要求的拓扑结构连通性和距离有界性。